Животный мир Алтая состоит из различных элементов. Здесь сталкиваются формы эндемичные с сибирскими и монгольскими, горные с таежными, лесостепными и степными, даже с представителями тундры, встречаются формы западные с восточными Многие из них успели превратиться в особые алтайские подвиды с ареалом распространения, выходящим иногда и за пределы Алтая. Из млекопитающих укажем лишь на алтайского крота, алтайского барсука, алтайского горностая, алтайско-траурного беляка, алтайского сурка, алтайский подвид Эверсманнова суслика, большую и среднюю алтайские землеройки, алтайского цокора и алтайскую лесную мышь (Mus silvat. tscherga Kastsch.), как на формы, которым специально присвоено название алтайских. Из хищных здесь водятся енисейский медведь, горный красный волк, россомаха, колонок и его сородич сусленик, соболь, хорек, ласка, ирбис, манул, рысь, волк; алтайская лисица бтыь может принадлежит к тяньшанской форме. Грызуны представлены, кроме упомянутых выше, бурундуком, белкой, летягой, обыкновненным хомяком, водяной крысой, красной полевкой, полевкой Эверсманна и др.

Жвачные представлены кабаргой, сибирской козулей, маралом, двумя формами аргали (Ovis am. ammon L. в Центральном Алтае и О. am. Przevalskii Nass. в Сайлюгемском хребте). Сибирский горный козел тэке встречается в нескольких подвидах. В Чуйской степи водится дзерень; кутора водяная и шесть видов летучих мышей на Алтае особенностей не представляют. Ежа, по-видимому, нет. Среди птиц характерными для всего Алтая, кроме северо — восточной части, являются красные утки-варнавки, в степях юго — восточного Алтая гусь-сухонос и гималайский мохноногий канюк, в центральном и юго — восточном Алтае алтайский балобан. В центральном и юго — восточном Алтае гнездится евразийский бородач. Из куриных отметим алтайского уллара, как обитателя альпийской зоны, бородатую серую куропатку в северной части центрального Алтая, мохноногую белую короткоклювую куропатку (L. I. brevirostris Hesse) в альпийской зоне и альпийскую белую куропатку (L. mut. nadezdae Sserebr.). В степях юго — восточного Алтая встречаются даурская дрофа и дрофа — джек; широко распространен кроме обыкновенного журавля и журавль-красавка. Из куликов гнездится выше границы лесной растительности ржанка-сивка глупая, столь характерная для всей тундры Сибири, являя пример тождества высокогорных и тундровых форм. Интересно и нахождение толсто-клювого зуйка (Aeg. lesche-naultii Less.) на озере Теньга и в Чуйской степи. В центральном и юго-восточном Алтае нередок и горный дупель-зимняк. По скалам там же селится алтайский сизый голубь и тут же находим и своеобразного чуйского ворона и особую форму грача (Tryp. frugil. Ultimus Suschk.).

Особыми формами в Центральном Алтае представлены кукша и кедровка. В юго-восточном Алтае встречается уже даурская галка белобрюхая. Кроме них, из семьи вороньих мы имеем черную ворону (вместо серой) и характерных для скал клушиц и альпийских галок. Характерный для других хребтов Европы и Азии краснокрылый стенолаз отсутствует на Алтае.

Из змей известны полоз узорчатый, степная гадюка (во внутренних долинах) и обыкновенная гадюка (преимущественно в горах). Из щитомордников встречаются два вида: Палласов щитомордник и средний. Ужа на Алтае, повидимому, нет. Из ящериц встречается только прыткая в особой алтайской вариации, и живородящая. Из земноводных на Алтае водятся жабы серая и зеленая, последняя в более южных частях. Остроносая лягушка образует особый алтайский подвид. Из рыб для Алтая характерен ускуч — Brachymystax lenok (Pall), хариус —  Thymallus arcticus (Pall) и телецкий сиг, неправильно называемый телецкой сельдью (Coregonus lavar. pidschian natio smitti Warpach.). Здесь же выработался и своеобразный род карповых рыб османов (Oreoleuciscus), три вида которого potanini (Kessl.), humilis (Warp.) и pevzowi var. altus Warp, найдены в реке Чуе, в реке Башкаусе и некоторых горных озерах.